| 九翅豆蔻叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析 | |
| 傅武祥; 郭雨桐; 张雪梅; 马占霞 | |
| 2024 | |
| Source Publication | 基因组学与应用生物学
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| ISSN | 1674-568X |
| Volume | 43Issue:01Pages:17-30 |
| Abstract | 为探究九翅豆蔻(Amomum maximum)叶绿体全基因组(chloroplast DNA, cpDNA)特征和密码子使用偏好性，本研究利用Illumina HiSeq测序平台对九翅豆蔻叶绿体全基因组进行测序，通过组装与注释得到叶绿体基因组全序列，使用MISA、 IQTREE和CodonW等软件对九翅豆蔻叶绿体全基因组的微卫星位点(microsatellite site)、密码子偏好性及系统发育进行分析。结果表明，九翅豆蔻完整叶绿体全基因组长度为163 602 bp,基因组平均G+C含量为36.1%,其大单拷贝(large single copy, LSC)区和小单拷贝(small single copy, SSC)区长度分别为88 626 bp和15 426 bp,两个反向重复(inverted repeat, IR)区长度为29 775 bp。九翅豆蔻叶绿体基因组共编码132个基因，包含86个蛋白编码基因、 38个tRNA基因和8个rRNA基因。叶绿体基因组序列上共检测到132个简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点。其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸数量分别为65、 35、 5、 24、 3个，绝大多数属于单碱基重复的A/U类型。系统发育分析显示九翅豆蔻在豆蔻属(Amomum)植物中单独聚为一支。这为九翅豆蔻种质资源鉴定、评价及物种形成机制研究奠定了基础。 |
| Keyword | 九翅豆蔻 叶绿体基因组 微卫星位点 密码子偏好性 系统发育分析 |
| Language | 中文 |
| Document Type | 期刊论文 |
| Identifier | https://ir.xtbg.ac.cn/handle/353005/14959 |
| Collection | 2012年后新成立研究组 |
| Affiliation | 1.云南农业大学农学与生物技术学院 2.中国科学院西双版纳热带植物园 3.滇西应用技术大学普洱茶学院 |
| Recommended Citation GB/T 7714 | 傅武祥,郭雨桐,张雪梅,等. 九翅豆蔻叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析[J]. 基因组学与应用生物学,2024,43(01):17-30. |
| APA | 傅武祥,郭雨桐,张雪梅,&马占霞.(2024).九翅豆蔻叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析.基因组学与应用生物学,43(01),17-30. |
| MLA | 傅武祥,et al."九翅豆蔻叶绿体基因组特征及其密码子偏好性分析".基因组学与应用生物学 43.01(2024):17-30. |
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| 九翅豆蔻叶绿体基因组特征及其密码子偏好性（2470KB） | 期刊论文 | 出版稿 | 开放获取 | CC BY-NC-SA | View Download | |
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